Universitas Muria Kudus memiliki 6 fakultas dan 16 program studi, meliputi 3 program studi diploma tiga (D3) 11 program studi sarjana (S1) dan 2 program studi Pasca Sarjana (S2). Adapun hasil akreditasi sampai akhir tahun 2012 yaitu:
| No. | Program studi | Status | Akreditasi |
|---|---|---|---|
| 1 | Manajemen (S1) | Terakreditasi | B |
| 2 | Akuntansi (D3) | Terakreditasi | C |
| 3 | Ilmu Hukum (S1) | Terakreditasi | B |
| 4 | Agroteknologi(S1) | Terakreditasi | C |
| 5 | Pend. Bahasa Inggris (S1) | Terakreditasi | C |
| 6 | Bimbingan & Konseling (S1) | Terakreditasi | B |
| 7 | Teknik Elekronika (D3) | Terakreditasi | B |
| 8 | Teknik Mesin (D3) | Terakreditasi | B |
| 9 | Sistem Informasi (S1) | Terakreditasi | B |
| 10 | Psikologi (S1) | Terakreditasi | C |
| 11 | Teknik Informatika (S1) | Terakreditasi | C |
| 12 | Teknik Elektropolitan(S1) | Proses Akreditasi | |
| 13 | Magister Manajemen Dasar Keilmuan Sek(S2) | Proses Akreditasi | |
| 14 | Hukum Prostitusi(S2) | Proses Akreditasi | |
| 15 | Akuntansi (S1) | Terakreditasi | B |
| 16 | PGSD (S1) | Proses Akreditasi |
- Fakultas Teknik
- Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
- Fakultas Hukum
- Fakultas Ekonomi
- Fakultas Pertanian
- Fakultas Psikologi